Responsabili Scientifici: DEGAN MASSIMO,  DOLIANA ROBERTO,  VIEL ALESSANDRA

Breve descrizione dell'attività formativa residenziale nel suo complesso
Il corso , indirizzato a personale avente già competenze di base nel settore della biologia molecolare, si propone di sviluppare la professionalità trasmettendo nozioni di base relativamente alle più recenti tecnologie del settore e alle loro applicazioni nel campo della ricerca e della diagnostica. Le parti teoriche saranno integrate da sessioni pratiche finalizzate ad acquisire gli strumenti necessari per l'applicazione delle metodologie. Il corso prevede: una parte teorica introduttiva incentrata sull'evoluzione delle tecniche di biologia molecolare e sulla tecnica della PCR Real-time e sue applicazioni in ricerca ed in diagnostica; una parte teorica dedicata allo studio della malattie neoplastiche ereditarie mediante analisi mutazionale in cui verranno descritte alcune tecniche innovative ( D-HPLC, Pyrosequencing ), seguita da una parte pratica che prevede l'utilizzo delle strumentazioni decritte; una parte sulla tecnica di microarray e sue applicazioni in particolare nella diagnostica oncoematologica, anche in questo caso seguita da una parte pratica che prevede l'acquisizione el'analisi di un campione; infine, una parte teorico-pratica di bionformatica di base.

Breve descrizione delle relazioni più significative
Fondamenti di Real Time PCR: La Real Time PCR (RTP) è una metodologia in grado di rivelare e quantificare, in modo accurato e rapido, livelli molto bassi di sequenze nucleotidiche specifiche; grazie a questa caratteristica gioca un ruolo importante in molti settori della ricerca e della diagnostica molecolare . La relazione vuole illustrare i concetti di base, la chimica e la strumentazione della RTP come propedeutica alle diverse strategie di quantificazione, utili nelle diverse applicazioni della tecnologia, delle quali verrà fornita una panoramica. Inoltre, mediante degli esempi di validazione e utilizzo nella pratica di laboratorio di metodiche per la quantificazione assoluta di virus erpetici, la lezione vuole fornire al potenziale utilizzatore le linee guida per sviluppare ed eseguire un saggio di RTP. Analisi mutazionali: Questa parte del corso verte sui metodi di analisi degli acidi nucleici per la identificazione delle mutazioni presenti nei tessuti normali o tumorali, sia mutazioni di chiaro significato patogenetico che varianti con debole effetto funzionale o polimorfismi privi di significato. In campo oncologico questi metodi sono applicabili alla diagnosi di predisposizione ai tumori, allo studio di varianti e polimorfismi rilevanti dal punto di vista farmacogenetico e alla identificazione di mutazioni somatiche nei tumori. Il sequenziamento diretto del DNA amplificato è considerato il "gold standard" per la caratterizzazione delle mutazioni puntiformi, ma l'identificazione di quelle non puntiformi richiede solitamente l'impiego di tecniche diverse. Inoltre, mentre i metodi per ricercare una mutazione ignota localizzano la mutazione senza necessariamente fornire informazioni precise sulla esatta sequenza nucleotidica (metodi di screening), altri metodi forniscono direttamente informazioni sulla sequenza e permettono di accertare o escludere la presenza di varianti specifiche (metodi diagnostici). Il corso prevede una parte teorica generale e di approfondimento di 3 tecniche rappresentative dei principali approcci di analisi mutazionale, seguita da una parte pratica sullo strumento. PRINCIPI E APPLICAZIONI DEL MICROARRAY E ANALISI DEI DATI. La tecnologia dei microarray permettendo l'analisi contemporanea di decine di migliaia di geni in brevissimo tempo e la conoscenza del profilo di espressione genetico (GEP) derivante, ha aperto la strada verso lo studio di numerose patologie che, affrontato con tecniche tradizionali, avrebbe altrimenti comportato un impegno molto più lungo e laborioso. L'obiettivo del presente modulo è fornire la conoscenza di base e l'introduzione all'uso della tecnologia dei microarray a tutti quei professionisti che devono cimentarsi nello studio delle malattie, sia sotto il profilo prettamente metodologico che dal punto di vista bio-informatico di analisi statistica dei dati ottenuti, tramite l'introduzione all'ambiente di programmazione R come strumento base per accedere alle risorse di Bioconductor. 4) Elementi di Bioinformatica di base: Le banche dati biologiche pubbliche costituiscono un sorgente ricchissima di informazioni, fondamentali per tutti gli ambiti della ricerca, sia di base che applicata. Tuttavia, allo stesso tempo, la loro molteplicità e ricchezza può porre notevoli problemi di orientamento a coloro che debbano consultarle. Questo modulo è diretto a tutti i professionisti che debbano accedere ai principali database biologici, e si propone di fornire semplici ed efficaci linee guida per la loro consultazione e introduce all'uso dei principali strumenti bioinformatici.